昆明全力开展滇池流域水环境综合治理，滇池入湖污染负荷大幅削减，水体中氮磷浓度明显下降，水质恶化的势头得到明显遏制和扭转。2016年1至10月滇池全湖总体水质类别为Ⅴ类，综合营养状态指数为61.5，营养状态为中度富营养。5日生化需氧量、总磷为IV类，总氮、化学需氧量为V类，其余项目均达到或优于Ⅲ类。与去年同期比较，水质类别由劣V类转为V类，营养状态均为中度富营养，综合营养状态指数下降4.7%。
2016年9月8日，环境保护部发布了《关于发布重点流域水污染防治专项规划2015年度考核结果的公告》，考核结果显示：滇池流域考核结果为较好，得分72.7分，是自国家对重点流域水污染防治专项规划进行考核多年以来，滇池得分最高的一次。滇池经过持续不懈的治理，如今已经取得成效。国家考核的16条河流，14条河流达到考核要求，河道生态景观改善明显。滇池及其水系周边已建成97公里的截污主干渠、22座水质净化厂、17座雨污调蓄池，滇池及其周边筑起了一张巨大的入湖污染物“拦截网”，入湖污染物大幅削减，点源污染物入湖量减少了70%。建成885个村庄生活污水收集处理设施，建立农村垃圾“村收集、乡运输、县处置”的运转机制。
滇池草海片区是市民亲近滇池最集中的区域，是昆明城市形象和生态文明建设工作成果的重要体现。2015年9月，昆明市成立滇池草海及周边水环境提升综合整治指挥部，围绕水质改善，大力实施河道综合整治、沿河沿湖生态建设，开展了滇池草海水体流动场、草海湖体垂直、水平、水质变化研究、草海湖体不同季节的水质、水位变化规律专题研究，建成了滇池草海区域水环境监测信息平台。2016年以来，实施新运粮河、老运粮河入湖河口前置库水体净化生态工程、滇池外海北部水体置换通道提升改造工程、西岸尾水及面源控制工程建设。草海和入草海河道水质得到持续改善。
“十三五”期间，滇池治理将以提高水环境质量为核心，围绕“以水定城、量水发展、科学治理、系统治理、严格管理、全民参与”，重点实施深化产业结构调整、完善治污体系、构建健康水循环、修复生态环境、创新管理机制、加强科技支撑与发动全民参与等7项主要任务。到2020年，力争滇池外海水质稳定达到IV类，草海稳定达到V类，入湖主要河流稳定达到V类以上。滇池湖体富营养水平明显降低，蓝藻水华程度明显减轻，实现从“三基本”到“三稳定”的转变。