九大高原湖泊是云南省生态体系的重要组成部分，保护治理好九大高原湖泊，对争当生态文明建设排头兵、筑牢西南生态安全屏障意义重大。云南省水利厅厅长、省河（湖）长制办公室主任刘刚在云南省全面推行河（湖）长制新闻发布会上表示，通过治理，云南九大高原湖泊水质总体保持稳定，重点污染湖泊水质得到有效改善。
刘刚介绍，在对九大高原湖泊实行“一湖一策”分类治理工作中，对水质优良的抚仙湖、洱海、泸沽湖，将突出流域管控与生态系统恢复，严格控制入湖污染物总量，维护生态系统稳定健康；对纳入国家水质较好湖泊保护的阳宗海和程海，将继续强化污染监控和风险防范，提升水环境质量；对污染较重的滇池、星云湖、杞麓湖和异龙湖，将通过开展全面控源截污、入湖河道整治、农业农村面源治理、生态修复建设、污染底泥清淤、生态补水等措施进行综合治理。
在先行推行河（湖）长制的昆明市滇池流域、玉溪市抚仙湖流域和大理州洱海流域治理中，各地结合实际，推进入湖河道和滩涂岸线管护保洁、环湖截污和生态湿地建设、“四退三还”、拆临拆违、生态补水、上下游生态补偿等治理保护。抚仙湖关闭径流区26家企业、49个砂石场；建成污水处理厂4个，实现了村庄污水收集全覆盖，城镇污水处理率达87%，城镇生活垃圾处置率达98%，农村生活污水处理率达81.67%，农村生活垃圾处置率达80%；拆除塑料大棚4827亩，实施退田还湖3528亩；搬迁沿湖群众8122人，拆除房屋92万平方米；对抚澄河等8条河道实施综合整治，建成人工湿地2394.99亩、湖滨缓冲带7425亩，8条河流入湖水质均达到了Ⅲ类；全力推进抚仙湖一级保护区中央、省、市、县属企事业单位退出；沿湖2.74万平方米人工沙滩已恢复为自然岸线。
大理州洱海流域全面推行河（湖）长制，州委、州政府18位州级领导担任州级河长，流域乡镇推行“沟渠长制”。流域245条沟渠设置257名“沟渠长”。河湖水域岸线设置“岸线段长”。为加强水域岸线水生态空间管控，设置“岸线段长”48名。洱海流域实现了148公里环湖岸线和29条入湖河流岸上、水面、流域网格化管理全覆盖。全湖植被面积达到32平方公里，为近15年来最大面积，近岸水体感观明显好于往年同期。滇池流域通过牛栏江—滇池补水工程，已累计向滇池生态补水22亿立方米，与滇池环湖截污、入湖河道整治等综合治理措施联动，使滇池水体污染指数明显下降，水体透明度上升，滇池水质和水环境得到显著改善。滇池流域从2017年4月20日起在滇池流域试行生态补偿机制，已在昆明市滇池流域31条河道推开。纳入“国考”的16条入滇池河道水质全部达标。2017年1-9月滇池全湖水质与“十二五”初期（2011年）比较，滇池全湖水质由劣Ⅴ类好转为Ⅴ类，综合营养状态指数下降4.8%，滇池蓝藻水华发生程度由重度逐步向中度和轻度过渡。
2017年上半年，抚仙湖和泸沽湖水质保持Ⅰ类；洱海水质为Ⅱ类；阳宗海水质为Ⅲ类；程海水质为Ⅳ类；滇池、星云湖、杞麓湖水质由2015年劣Ⅴ类好转为Ⅴ类，滇池30年来首次达到Ⅴ类；异龙湖水质虽为劣Ⅴ类，但水质恶化趋势得到遏制，部分主要污染物指标下降明显。